无痛胃肠镜的麻醉用药都是起效快、恢复迅速的静脉镇静药,由于作用时间短,所以苏醒迅速，对于绝大多数患者来说是安全的，即使出现不良反应也是轻微而短暂,但少数患者可出现血压下降、心率减慢、呼吸减慢、低氧血症等呼吸循环抑制,会给严重高血压、心脏病、脑血管疾病及呼吸系统疾病的患者带来一定危险。
所以,患有心动过缓、严重高血压、严重心脑血管疾病、慢阻肺及哮喘、半年内有心梗脑梗病史等患者不宜进行无痛内镜检查，或由有经验的高级职称麻醉医生评估后决定是否采用清醒镇静等麻醉方案和特殊麻醉用药方案。
某些疾病如胃潴留、急性上消化道大出血且胃内有较多血液潴留时,液体返流容易引起窒息,不宜进行无痛胃镜检查。
严重鼾症及过度肥胖患者检查时易发生呼吸抑制和窒息,应慎重选择无痛胃镜检查。
剧烈咳嗽、咳痰者（急性呼吸道感染、咽喉炎），不宜选择无痛胃镜。
为了避免麻醉药物对胎儿的影响,孕妇不宜选择无痛内镜。
禁饮食时间不够（禁食时间应8h，禁水时间应2h），不宜选择无痛内镜。
没有家属的陪同不宜做无痛胃肠镜。
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